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尔云间 一个专门做科研的团队
大家有没有在做实时定量PCR的时候,不知道怎么样去选择内参基因?或者在修回的时候,审稿人提出实验所用内参基因不合适?那怎么样选择合适的内参基因,你知道吗?相信很多小伙伴对这个问题都比较迷糊,那今天小微就给大家介绍一个如何选择内参基因的数据库——ICG数据库(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page),它是北京基因组所在生命与健康大数据中心开发了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库,对经生物学实验手段鉴定出的内参基因及其应用实验实现了有效的挖掘、整合及注释。
1 首页介绍了目前该数据库排名前10的内参基因,以及所收录的物种、内参基因、实验处理条件等信息
2 该数据库目前总共收录了209个物种的内参基因,主要包括73种动物,115种植物,12种真菌以及9种细菌
(1)点击首页“Species”即可查询所有物种
(2)进入页面可以直接点击感兴趣的物种
(3)这里每个物种信息里面包括物种的基本描述、内参适用的样本类型、内参基因的信息(包括基因名称、应用范围、accession号、引物序列、Tm温度和qPCR类型等信息)、内参基因的类型、评估方法以及相关参考文献等。
比如这里以“Rat”为例:
点击进入页面会看到如下的目录,主要包括“Rat”主要应用到哪些实验中
更详细的信息可以直接往后翻,就能看到“Rat”应用到具体某个实验中所用到的具体内参基因详细信息
利用这个数据库,在选择内参的时候,就可以参考一下,看看选择哪些基因做内参会比较合适,你学会啦嘛?
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